Зберігання насіння сої має свої особливості, пов’язані із хімічним складом та фізичними властивостями цієї культури. 

Внаслідок підвищення вмісту білкових та олійних речовин насіння є поживним субстратом, на якому за певних значень температури і вологості швидко розвивається патогенна мікрофлора та шкідники зернових запасів. Особливо нестійким є травмоване насіння із ушкодженою зовнішньою оболонкою. Навіть у стані середньої сухої вологості 13-14% ураження такого насіння грибними хворобами та шкідниками досить значне.

Насіння сої характеризується підвищеним ступенем гігроскопічності – воно здатне швидко і в значних кількостях поглинати як рідку краплинну вологу, так і водяні пари із зволоженого навколишнього повітря.

Зберігають насіння при вологості, яка не перевищує стандартну, роздільно за сортами, категоріями та генераціями. Базове насіння та 1-шу генерацію зберігають в мішках, на піддонах, віддалених від підлоги не менш ніж на 15 см, а від стіни - 70 см. Висота штабеля не більше 7-8 мішків. 

При зберіганні насіння насипом висота бурту не повинна перевищувати 1,5 м.

Обов’язково двічі на місяць необхідно перевіряти вологість насіння, температуру в складському приміщенні. В разі підвищення цих показників  насіння в насипах перелопачують, а у штабелях - перекладають мішки. Складські приміщення провітрюють. Не допускається провітрювання насіннєвих складів під час дощів, туманів, зимових відлиг, коли вологість повітря значно вища ніж в насіннєсховищі.

Кожна партія насіння, що зберігається, повинна пройти контроль в лабораторії з визначення посівних якостей, а по закінченню терміну дії документа про якість насіння отримати новий. 

Отже, однією з основних умов збереження насіння сої є контролювання гідротермічного режиму й ретельне управління ним у процесі всього зберігання. 

При правильній підготовці насіння, раціонального розміщення його у сховищах, підтримання оптимального режиму зберігання можна уникнути негативного впливу цих явищ.