Важливим етапом  у технології виробництва та вирощування сільськогосподарських культур є правильне зберігання насіння, адже від цього, значною мірою, залежить майбутній урожай.

Зберігання насіння розпочинається ще в бункері комбайна у вигляді свіжозібраного вороху. Під час перевезення на тік, насіння зберігається в транспортних засобах. На довготривале зберігання його закладають у насіннєсховища лише після закінчення повного циклу післязбиральної обробки – сушіння, очищення, сортування, тощо.

Термін зберігання може бути різним. Насіння озимих культур висівається вже через 1 – 1,5 місяці після збирання, ярих через 7-8 місяців. Насіння, що закладається на зберігання, до часу посіву повинне зберегти посівні якості і мати здатність давати здорові і сильні рослини наступного покоління.

На зберігання потрібно закладати сухе виповнене насіння, оскільки травмоване, проросле, неякісно очищене та щупле насіння зберігається гірше. Вологість насіння повинна бути в межах або нижче критичної.  Для насіння пшениці, жита, ячменю, гречки вона становить 14-15%, для кукурудзи – 14%, проса – 13,5-14%, соняшнику – 7-10%. Насіння обов’язково має бути очищене від домішок, які є джерелом самозігрівання (рослинні рештки, насіння бур’янів, живі комахи тощо).

Відповідно до ДСТУ 2240-93 «Насіння сільськогосподарських культур. Сортові та посівні якості», сховища повинні бути критими та сухими, знезараженими від комірних шкідників. 

Кожну підготовлену партію, що підлягає зберіганню, необхідно зважити, пронумерувати й установити штабельний ярлик чи етикетку, де зазначається:

• культура;

• сорт (гібрид, лінія);

• категорія за етапами насінництва;

• генерація;

• рік урожаю;

• номер партії;

• маса партії;

• кількість місць;

• сортовий документ на насіння (назва, номер).

Добазове та базове насіння незалежно від призначення, а також партії сертифікованого насіння першої генерації, призначені для реалізації зберігаються в мішках, а мішки - у штабелях, які формують на спеціальних піддонах не нижче, ніж за 15 см від підлоги та 70 см - від стіни.  Мішки повинні бути міцні, сухі, чисті та знезаражені. Розміри штабелів та відстань між ними повинні сприяти відбору проб насіння з будь-якого місця і проведенню технологічних операцій. При зберіганні насіння насипом висота бурту не повинна перевищувати: для олійних – 1,5 м, інших культур – 2 м. У складських приміщеннях з активною вентиляцією висота бурту насіння зернових культур допускається до 3 м.

Під час розміщення насіння необхідно уникати випадкового змішування, тому насіння розміщують за сортами, а в межах сорту – за категоріями. Не можна розміщувати у сусідніх засіках насіння інших культур, які важко відокремлюються. Насипати засік треба так, щоб він залишався недовантаженим на 15-20 см, це застерігає від попадання насіння  з одного засіка в інший.

З моменту надходження насіння у сховище необхідно вести систематичне спостереження за температурою і вологістю повітря, за зміною кольору насіння, його запаху, появою осередків самозігрівання та шкідників. Особливо ретельні спостереження за температурним режимом зберігання потрібно вести пізньої осені та рано навесні, коли підвищується вологість повітря і збільшуються коливання температури, що може спричинити самозігрівання. Температуру на початку зберігання необхідно вимірювати щодня, через 1-2 місяці - не менш ніж 2-3 рази на тиждень, а взимку – раз на тиждень, в різних місцях на глибині 20-30 см, у середній частині і внизу біля підлоги. 

Насіннєсховища періодично провітрюють, використовуючи активне вентилювання. Доцільність цього заходу значною мірою залежить від вологості насіння. Що воно сухіше, то менше потреба у провітрюванні. Треба пам’ятати, що відносна вологість зовнішнього повітря має бути не вище 60-70%, а температура – нижчою, ніж температура приміщення, бо інакше можлива конденсація вологи на насінні. 

Важливим елементом контролю зберігання насіння є його перевірка в акредитованих лабораторіях та отримання Сертифікату, що засвідчує посівні якості насіння. Перед закінченням терміну дії Сертифікату, обов’язковою є повторна сертифікація насіння. Також невід’ємним елементом зберігання насіння є здійснення внутрішньогосподарського контролю за виробництвом та обігом насіння та ведення насінницької документації відповідно до встановлених форм.